Sarnıç, uzunluğu 140 metre, genişliği 70 metre olan dikdörtgen biçiminde bir alanı kaplayan, dev bir yapıdır. Toplam 9.800 m2 alanı kaplayan bu sarnıç, yaklaşık 100.000 ton su depolama kapasitesine sahiptir. Sarnıcın içerisinde her biri 9 metre yüksekliğinde 336 sütun bulunmaktadır. Birbirine 4.80 metre aralıklarla dikilen bu sütunlar, her biri 28 sütun içeren 12 sıra meydana getirirler. Çoğunluğu daha eski yapılardan toplandığı anlaşılan ve çeşitli mermer cinslerinden yontulmuş sütunların büyük bir kısmı tek parçadan, bir kısmı da iki parçadan oluşmaktadır. Bu sütunların başlıkları, yer yer farklı özellikler taşır. Bunlardan 98 adedi Corint üslûbu yansıtırken bir bölümü de Dor üslûbunu yansıtmaktadır. Sarnıçtaki sütunların köşeli veya yivli biçimde olan birkaç tanesi hariç büyük bir çoğunluğu silindir biçimindedir. Sarnıcın ortasına doğru kuzeydoğu duvarı önünde yer alan 8 sütun, 1955-1960 yıllarında yapılan bir inşaat sırasında kırılma tehlikesine maruz kaldıklarından, bunların her biri, kalın bir beton tabaka içine alınarak dondurulmuş ve bu yüzden eski özelliklerini kaybetmişlerdir. Sarnıcın tavan aralığı kemerler vasıtasıyla sütunlara aktarılmıştır. Sarnıcın tuğladan örülmüş 4.80 metre kalınlığındaki duvarları ve tuğla döşeli zemini, Horasan harcından kalın bir tabakayla sıvanarak su geçmez hale getirilmiştir.
Bizans döneminde bu çevrede geniş bir sahayı kaplayan ve imparatorların ikamet ettiği büyük sarayın ve bölgedeki diğer sakinlerin su ihtiyacını karşılayan Yerebatan Sarnıcı, İstanbul’un Osmanlılar tarafından 1453 yılında fethinden sonra bir müddet daha kullanılmış ve padişahların oturduğu Topkapı Sarayı’nın bahçelerine buradan su verilmiştir.
İslâmî kaidelerin temizlik esasları gereği durgun su yerine akar vaziyetteki suyu tercih eden Osmanlılar’ın şehirde kendi su tesislerini kurduktan sonra kullanmadıkları anlaşılan Sarnıç, 16. yüzyılın ortalarına gelinceye kadar Batılılar tarafından fark edilmemiş, nihayet 1544-1550 yıllarında Bizans kalıntılarını araştırmak üzere İstanbul’a gelen Hollandalı gezgin P. Gyllius tarafından yeniden keşfedilerek Batı âlemine tanıtılmıştır. P. Gyllius, araştırmalarından birinde, Ayasofya civarında dolaşırken, buradaki evlerin zemin katlarında bulunan kuyu benzeri yuvarlak büyük deliklerden ev halkının aşağıya sarkıttıkları kovalarla su çektikleri, hatta balık tuttuklarını öğrendi. Büyük bir yeraltı sarnıcının üzerinde bulunan ahşap bir binanın duvarlarla çevrili avlusundan, yerin altına inen taş basamaklardan elinde bir meşaleyle sarnıcın içerisine girdi. P. Gyllius, çok zor şartlarda sarnıcı sandalla dolaşarak ölçülerini alıp sütunlarını tespit etti. Gördüklerini ve edindiği bilgileri seyahatnamesinde yayımlanan Gyllius, birçok seyyahı etkilemiştir.
Sarnıç, kurulduğundan günümüze kadar çeşitli onarımlardan geçmiştir. Osmanlı İmparatorluğu Dönemi'nde iki defa onarılan sarnıcın ilk onarımı 3. Ahmet zamanında (1723) Mimar Kayserili Mehmet Ağa tarafından yaptırılmıştır. İkinci onarım ise Sultan 2. Abdülhamid (1876-1909) zamanında gerçekleştirilmiştir. Cumhuriyet Dönemi'nde de sarnıç, 1987'de İstanbul Belediyesi tarafından temizlenerek ve bir gezi platformu yapılmak suretiyle ziyarete açılmıştır. 1994 yılının Mayıs ayında yeniden büyük bir temizlik ve bakımdan geçmiştir